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专业所模式和综合院模式，是设计院现行的两种基本组织模式。本质上，专业所模式是直线职能制组织结构在设计院中具体表现，综合院模式是事业部制组织结构在设计院中具体表现。
从资源的配置方式角度观察二者差异，有助于对两种组织模式的理解：
- 在专业所模式下，专业生产资源按专业集中配置在各专业所（或专业处），管理资源集中配置在院级职能部门；由院级职能部门完成对所有项目的计划管理：从编制生产计划，到组织落实、专业协调和监督检查，由各专业所按院生产作业计划要求完成本专业的设计生产任务。
- 在综合院模式下，各专业生产资源按业务类型需要，分散配置在不同的二级综合院内，管理资源也根据各业务类型需要大部分配置在二级综合院；由各二级综合院负责相应业务所有项目的计划管理，并由其内部的各专业生产资源完成项目生产任务。
两种组织模式在资源配置方式上的差异，导致其优缺点不同：生产资源按专业集中配置，有利于形成各专业的规模经济，各专业的生产能力较高；管理资源分散配置到各二级综合院，理论上讲就是对二级综合院进行管理分权和业务类型管理的专业化，即“管理分工”——管理分工提高了管理能力，使设计院业务管理能力（包括经营能力和生产管理能力）得以提高。
因此对具体设计院而言，专业所模式优点在于其较高的专业生产能力，缺点在于其较低的业务管理能力；综合院模式优缺点，则与之相反（如下表）。
设计院当前再次面临组织模式困境
转制前，设计院普遍使用的是专业所模式；到转制初期，设计院在组织模式上第一次遇到选择的痛苦：
- 若沿用专业所模式，虽有利于专业建设和整体技术提升，但不利于调动专业技术人员的经营积极性，业务经营压力得不到有效解决；
- 若采用综合院模式，虽有利于人员积极性发挥、提高经营效果，但专业力量分散，影响专业建设和技术水平提高。
面对第一次选择上的痛苦，设计院进行了较多讨论和尝试，但没能跳出专业所和综合院两种组织模式所设定的两难困境，最终的妥协结果是：经营压力大的设计院，出于当期生存需要，不得不采用综合院模式；经营压力小的设计院，出于长期发展考虑，在没有两全解决方案前仍保持专业所模式不变。正因如此，当前这两类组织模式并存于设计院中。
但之后，随着部分设计院基本解决了经营问题，一些发展较好的设计院开始遇到生产能力不足问题；尤其随着国家在很多基础行业加大建设投资规模，使此类设计院的生产能力不足问题更加突出。但在生产能力问题上，由于专业所和综合院两种组织模式都有缺陷，都不能最大程度发挥生产资源潜力。
如果说设计院在面对第一次组织模式选择时还有妥协的余地，那么在产能问题出现后，再次面对组织模式选择时设计院已无妥协余地了，原因有三：
第一，产能不足问题必须解决，否则影响的不仅是当期经营收入，更可能丢失提高市场份额和行业竞争地位的机会。
第二，只能更多的依赖内部挖潜提高产能。设计院不同于一般生产型企业，很难通过再投资方式迅速扩大生产规模，即使扩大资源规模（如大规模招聘）也很难在短期内起到实际作用；且目前也很难通过外包等方式扩大生产能力——由于行业内有效生产分工体系还在形成过程中，设计院自身的外包管理能力也需要培养。尽管也有些设计院在环境尚不成熟情况下采用了外包、甚至收购兼并方式，但几年下来发现管控风险极高、商誉受损严重，得不偿失。
第三，内部挖潜时必然遇到专业所模式和综合院模式的困扰。
“产能上限”与“管能上限”成反比例变化，是造成设计院组织模式困境的根本原因
对于以工程咨询、设计业务为主的设计院而言，实际生产能力受制于两个因素：各专业生产能力和生产管理能力（简称“产能”和“管能”）。设计院的实际生产能力取决于“产能”和“管能”中的短板水平。
专业所模式下，专业生产资源按专业集中配置在各专业所（或专业处），易于发挥专业生产资源的规模经济，各专业的生产能力达到最大化；但其生产管理权力主要集中在院级职能部门，由它们统一负责对所有项目进行生产计划、组织落实、专业协调和监督检查。该管理方式所蕴含的生产管理能力，在业务单一且规模较小的情况下一般能满足需要，但随着业务的多元化以及生产规模的扩张，其生产管理能力“较低的上限”就会表现为制约因素——即使此时专业生产能力还有很多剩余。
综合院模式下，院级管理权力大部分下放给各二级综合分院，由分院负责某类业务的生产计划与监督管理。这种管理分权提高了整个院的生产管理能力，“管能”上限得到提升。但是因生产资源按照业务类型配置到了各二级综合院，专业生产规模被破坏、专业生产能力下降——此时“产能”又成了限制实际生产完成量的短板。
在两种模式中，“管能上限”和“产能上限”好似跷跷板，成反比例变化（如下图）。
正是这种“产能上限”和“管能上限”相互矛盾的变化，导致无论是采用专业所模式还是采用综合院模式，始终都存在制约实际生产完成能力的短板。如果企业经营获得的业务量小于短板所决定的上限，这种矛盾不会演变成为问题；但若企业获得的业务量高于该组织模式可能完成的最大业务量（图中Q点），则生产能力不足就会严重阻碍企业发展。
发展较好设计院要解决产能不足问题，就必须打破该矛盾，走出组织模式设计的困境。
“集中计划管理的业务运行方式”是“矛盾”存在的基础
要解决矛盾，必须认识矛盾存在的时空范围和基础条件。专业所和综合院两种组织模式的矛盾有其内在规律，不了解该规律及其存在的基础，就永远走不出这一矛盾的死循环。
两种组织模式内在矛盾存在的基础，是设计院传统采用的“集中计划管理的业务运行方式”。集中计划管理的业务运行方式，是设计院普遍采用的业务运行方式，也是转制前管理模式的自然延伸。该管理模式主要是通过行政指挥系统实现的，通过行政权力进行指挥、协调和控制，整个业务运行的实现过程需要行政权力作为保障。
采用综合院模式，院将部分的管理活动和管理权力分配给二级综合分院，提高了院整体管理能力；但各二级综合分院要想做到指挥有效，必然要求将其所需要的资源（专业设计生产人员）纳入其行政指挥系统内，即将生产资源配置到二级综合分院。而这样做的结果是：专业生产的规模经济被破坏，院的整体生产能力上限下降了（如下图）；
采用专业所模式，生产管理需要由院集中统一管理，由院进行专业之间的协调、沟通，这样做的结果是无法进行管理分工，导致院的整体管理能力上限较低。
因此：采用综合院模式，虽然管理能力上限提升了，但由于需要分散配置生产资源，专业设计生产的产能上限下降了；采用专业所模式，虽然专业生产能力上限提升了，但生产管理能力上限下降了。由此导致了“产能上限”和“管能上限”这对矛盾的产生。
建立超矩阵组织结构，解决设计院的产能问题
面对这种困境，一些设计院也作过其它尝试，但收效甚微。如实践中有些设计院将专业所模式与综合院模式相结合，构造出混合模式——即一些业务类型按专业所模式运行，另一些业务类型按综合院模式运行。该模式对那些业务发展明显不均衡、有好有坏的设计院有一定改进作用，但对于业务普遍发展较好的设计院所来说，该模式不仅没能很好解决问题，反而增加了院级生产管理复杂性。
对此，复斯专家认为，必须跳出传统组织模式选择的困境，创新出新的组织模式，使其兼具专业所和综合院两种组织模式的优点。
首先，要改变传统的业务运行方式，以规范的项目管理业务运行方式，代替原有集中计划管理的业务运行方式——这是由设计院本身项目式业务特点决定的。需要指出的是，很多设计院自认为当前采用的就是项目管理业务运行方式，但实际上其大多数并非真正的项目管理业务运行方式，确切的说不过是“以项目为对象的集中计划管理”的业务运行方式而已——这一点具有很强的蒙蔽性，不加区别，很容易错过组织改进机会。
第二，建立超矩阵组织结构。项目管理的业务运行方式，需要矩阵制组织结构的配合，这是常识，但这仅适用于业务类型少的中小型设计院；而对多业务类型的大型设计院，必须在矩阵制组织结构基础上，构造出具有生产管理功能和经营功能的类业务管理单元，构设出超矩阵组织结构。
- 业务类型少的中小型设计院，应建立专业矩阵制结构。即在专业模式基础上建立专业项目管理部门，完善业务管理部门不够专业化的现行矩阵制结构。这种模式的组织结构是由专业所（室或处）加院级专业项目管理部门组成。在对业务管理部门进行整合和专业化设置时，应根据项目管理的成熟程度和当前业务量的大小，掌握专业化的精度，合理设置项目经营部门、项目管理部门和各类项目控制部门等。
- 多业务类型的大型设计院，矩阵制组织结构对其而言是无效的——就像专业所模式一样，生产管理能力仍然会远远低于各专业的专业生产能力，最终还是不能有效提高实际生产能力。超矩阵组织结构是复斯专家的创新设计，整体构架由“专业所（室或处）+业务管理单元+院职能管理部门”组成。
业务管理单元可以继续称为“分院”，但其资源构成和功能不同于原综合性分院：首先，它的资源构成中不包括设计资源，所有的设计资源都集中配置在专业所（室或处）中，其所配置的全部是项目管理资源；其次，它的功能不包括设计生产功能，而仅是生产管理功能和经营功能。不同类型的业务，由不同的业务管理单元指派项目经理和设计经理，并通过特定的资源提出与确认程序，由院级管理部门负责落实完成项目部的组建；组建后的项目部，在相应的业务管理单元的控制和协调下完成全部生产任务；项目部和业务管理单元协调失灵时，由院级管理部门负责协调，并依据最后的责任认定裁决对相关部门的制度处罚等。
第三，建立并完善项目管理制度、相应的收入分配制度和业绩考评制度，在制度和机制上保证项目管理业务运行方式在超矩阵组织结构内准确运行。
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